Em Rats of Wistar, você desempenha o papel de um dos quatro ratos que organizaram a fuga do famoso Wistar Institute. Como tal, terá de liderar a sua família para provar que é o mais merecedor de liderar toda a colónia. Graças às suas habilidades extraordinárias, você poderá explorar a Fazenda até chegar à despensa para poder pegar o apetitoso queijo; explorando os artefatos abandonados pelos humanos na orla da Floresta, você criará novas invenções e expandirá seu covil sob as árvores, cavando novos cômodos e construindo novos canteiros. Você encontrará ratos e camundongos nativos que receberá de boas-vindas em sua família e, quando necessário, visitará o rato Alquimista para obter alguma vantagem extra.

O jogo ocorre em 5 rodadas (iguais aos 5 dias em que o desafio ocorre) e você ganhará pontos de vitória (VPs) da seguinte forma:

• construir camas,

• salas de escavação,

• resolvendo missões dentro da Fazenda,

• bem-vindo ratos hospedeiros,

• construir novas invenções,

• reivindicar Conquistas.

No final do jogo, o jogador com mais VPs vence. Em caso de empate, o jogador mais distante na ordem de turno vence.